Comment la pandémie a conduit au désarroi - et à la découverte.

Par Brenda Goodman, MA

En mars 2020, alors que le monde se réveillait à l'aube d'une pandémie mondiale, 61 membres de la Skagit Valley Chorale, dans le nord-ouest de l'État de Washington, se sont réunis pour une répétition de deux heures. Ils ont suivi les précautions recommandées par les autorités sanitaires locales, évitant tout contact physique, utilisant du désinfectant pour les mains et gardant une certaine distance sociale.

En quelques semaines, 52 des membres de la chorale ont été diagnostiqués avec le COVID, plusieurs ont été hospitalisés et deux membres sont décédés. Les experts ont d'abord été déconcertés par les raisons.

"Vous saviez qu'il n'y avait qu'une seule chose que tout le monde dans cette pièce partageait et c'était l'air", a déclaré Kimberly Prather, PhD, professeur à la Scripps Institution of Oceanography à San Diego, CA, qui étudie la chimie des aérosols. "Sans aucun doute, c'est ce qui a conduit à la propagation".

Ce fut un moment charnière dans une pandémie qui a créé des changements tectoniques dans nos vies à la maison, au travail, dans les loisirs. La pandémie a également entraîné des changements majeurs dans le monde de la santé, de la médecine et de la science, dont certains seront probablement encore présents après que le virus ne dominera plus les titres de l'actualité quotidienne.

Le dogme de la gouttelette

Pendant la majeure partie du siècle dernier, les experts de la santé publique étaient largement d'accord pour dire que la propagation des maladies respiratoires comme le rhume et la grippe se produisait en grande partie lorsque les gens entraient en contact avec des gouttelettes plus grosses, lourdes et chargées de virus qui sont expulsées lorsque les gens toussent ou éternuent.

Selon cette théorie, il fallait être suffisamment proche d'une personne malade lorsqu'elle toussait ou éternuait pour attraper sa maladie, ou toucher une surface sur laquelle certaines de ces grosses gouttelettes s'étaient récemment posées.

Ce dogme des gouttelettes est à l'origine des mesures sanitaires initiales auxquelles de nombreuses personnes se sont familiarisées dans les premiers jours de la pandémie, telles que la distance sociale de 1,80 m et le nettoyage fréquent des surfaces des maisons, des entreprises et des lieux de travail, qui a entraîné une pénurie de lingettes et de sprays antibactériens.

On pensait que la véritable propagation des infections par voie aérienne était rare. L'expert en maladies infectieuses Jeffrey Shaman, PhD, a écouté les premiers conseils des experts de la santé et des présentateurs de journaux télévisés sur la transmission du COVID par gouttelettes et a été incrédule.

J'étais assis là, à hurler à la télévision en disant : "Comment pouvons-nous savoir cela ? C'est un nouveau virus ! ", a déclaré M. Shaman, directeur du programme climat et santé de l'université Columbia à New York, dont les travaux portent sur la modélisation de la propagation des maladies infectieuses.

D'autres épidémies comme celle de l'État de Washington ont suivi. Il est peu à peu apparu que les chants et les conversations bruyantes, comme ceux que l'on entend dans une église, un restaurant ou un bar très fréquenté, constituaient des conditions optimales pour la propagation de minuscules aérosols flottants de virus SRAS-CoV-2 qui pouvaient rester en suspension pendant des heures. Les églises ont été durement touchées, probablement parce qu'il s'agit d'un endroit où les gens se serrent les uns contre les autres et chantent.

Il est rapidement apparu que le COVID-19 n'était pas la seule maladie infectieuse dont la propagation repose sur les aérosols.

Lorsque le port du masque est devenu une norme sociale dans de nombreuses régions des États-Unis, les cas de grippe et de virus respiratoire syncytial, un rhume courant, ont pratiquement disparu. Ces maladies sont réapparues en 2021, après que les Centers for Disease Control and Prevention ont recommandé que les personnes entièrement vaccinées puissent retirer leur masque et que le port du masque a diminué.

La pandémie de COVID-19 a conduit les scientifiques à réévaluer le rôle et la fréquence de la transmission par aérosol.

"Je crois vraiment qu'il n'y aurait jamais eu de pandémie si l'on s'en tenait aux gouttelettes, aux personnes qui s'aspergent et toussent les unes sur les autres", a déclaré Prather. "C'est le partage de l'air intérieur qui est à l'origine de ce phénomène".

Les méthodes de test mises à l'épreuve

Une autre idée importante à évoluer de la pandémie est le concept qu'un test rapide peut vous dire si vous pourriez être contagieux.

Au début de la pandémie, la plupart des tests de dépistage du virus SRAS-CoV-2 ont été effectués avec des tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR), qui sont très sensibles et très précis pour détecter le COVID. La raison pour laquelle l'accent a été mis sur les tests PCR était que, en raison de leur sensibilité, ces tests pouvaient détecter le virus à un stade précoce, de sorte que les patients pouvaient se faire soigner et limiter la propagation de la maladie à d'autres personnes.

Les efforts déployés à l'époque visaient à rendre les tests PCR plus disponibles et à accélérer les délais d'exécution.

Mais certains experts, comme Michael Mina, PhD, responsable des diagnostics de virologie moléculaire au Brigham and Women's Hospital de Boston, ont vu des failles dans cette stratégie. D'une part, le test PCR était trop rare pour détecter la plupart des personnes atteintes du virus, et il n'était pas un outil utile pour les responsables de la santé publique qui tentaient d'empêcher la transmission du virus par la recherche des contacts.

"Sur les 1 personne sur 10 qui sont diagnostiquées, presque toutes sont diagnostiquées après avoir été infectées", a-t-il expliqué dans un podcast en juillet 2020.

Les études de Mina ont montré que les personnes infectées par le SRAS-CoV-2 avaient les niveaux les plus élevés de virus dans leur corps au début de leur infection, souvent avant qu'elles ne présentent des symptômes. Et les charges virales élevées sont étroitement liées à la transmission.

Ce qu'il fallait, pensait Mina, c'était un test "suffisamment bon", relativement peu coûteux et facile à utiliser, pour que les personnes atteintes du virus sachent rapidement quand elles peuvent représenter un risque pour les autres.

Mina s'est faite la championne du type de tests antigéniques rapides que les gens achètent maintenant dans des endroits comme CVS et Walgreens - quand ils peuvent les trouver. Un résultat positif signifie que vous devez rester chez vous, car vous pourriez transmettre votre infection à d'autres personnes. Un résultat négatif n'exclut pas la présence du COVID-19, mais il indique que vous ne représentez pas un risque pour les autres.

Les États-Unis ont adopté le test rapide, bien qu'ils n'aient pas encore produit suffisamment de tests ou qu'ils ne soient pas assez bon marché pour que les gens les utilisent souvent. L'administration Biden a lancé cette semaine un site web proposant quatre tests gratuits à chaque foyer du pays. Les compagnies d'assurance maladie sont désormais tenues de rembourser les tests achetés par le public.

Stephen Kissler, Ph.D., chercheur postdoctoral à l'école de santé publique T.H. Chan de Harvard, a déclaré que cette prise de conscience était un moment décisif pour les épidémiologistes.

"Jusqu'à présent, beaucoup d'entre nous, même ceux d'entre nous qui sont épidémiologistes, ont pensé à ces phases distinctes et discrètes où une personne est sensible aux maladies, elle est infectée, puis elle se rétablit. Et le passage d'une phase à l'autre est en quelque sorte très prévisible", a-t-il déclaré.

"La quantité de virus produite et la durée de sa production ont une grande importance, tant en termes de capacité à propager le virus que de capacité à détecter le virus chez une personne infectée", a ajouté M. Kissler.

Une fois la pandémie terminée, il est très probable que l'autodiagnostic des agents pathogènes subsistera et deviendra plus sophistiqué, a déclaré M. Shaman de l'université Columbia.

"Cette idée de pouvoir se tester soi-même évolue vers une chose de type Star Trekkie où nous aurons des appareils qui nous permettront de tester de multiples agents pathogènes et nous donneront les informations sur ce que nous avons pour ne pas avoir à aller soumettre d'autres personnes à ces agents", a déclaré Shaman.

Publication rapide : "Bénédiction et malédiction"

La pandémie a également accéléré rapidement la façon dont les informations scientifiques sont partagées.

Il y a quelques années à peine, si un scientifique faisait une nouvelle découverte importante, il rédigeait une étude, puis soumettait cet article à une revue universitaire évaluée par des pairs. Le manuscrit devait ensuite passer par une série d'examens fastidieux effectués par des scientifiques, des rédacteurs en chef et d'autres personnes avant la publication finale.

Les revues les plus importantes étant très sélectives, il était courant qu'un chercheur soumette son travail à plusieurs revues avant que son article ne soit accepté et finalement publié. Ce processus pouvait prendre des mois, voire des années.

Après l'apparition et la propagation rapide du SRAS-CoV-2, ces retards dans le partage des recherches des scientifiques du monde entier sont devenus un obstacle à la compréhension de la science à l'origine de la pandémie. Des milliers de personnes mouraient chaque jour, et le monde avait un besoin urgent de réponses sur ce virus hautement destructeur.

Les serveurs de préimpression qui publient des versions préliminaires de manuscrits scientifiques, avant l'examen par les pairs, comme medRxiv (prononcé med-archive, d'après le nom de la lettre grecque X), sont devenus le moyen privilégié de partager rapidement les découvertes biomédicales avec d'autres chercheurs, des responsables de la santé et le public.

Les articles soumis à medRxiv ne sont pas non plus édités, bien qu'ils fassent l'objet d'un filtrage pour éviter tout contenu nuisible ou non scientifique, selon le site Web du serveur. L'élimination de ces étapes permet de réduire le temps de publication de plusieurs mois ou années à 4 ou 5 jours. L'examen par les pairs intervient parfois - mais pas toujours - plus tard, après que l'article a été accepté par une revue scientifique.

Entre-temps, les universités et d'autres institutions se sont jointes à la ruée, multipliant les communiqués de presse sur les nouvelles recherches menées par les membres du corps enseignant dans le cadre du COVID, souvent avant que les résultats n'aient été correctement vérifiés. Cette ruée a créé des dilemmes pour les journalistes, les chercheurs et les autres personnes qui tentent de comprendre la qualité de la science.

Le résultat a été désordonné. Selon Retraction Watch, un site web qui suit les publications scientifiques, plus de 206 articles sur le COVID-19 ont été rétractés ou retirés depuis le début de la pandémie. Dans certains cas, les retraits concernaient des fautes professionnelles ; dans d'autres, les résultats n'étaient pas fiables pour d'autres raisons.

L'un des plus préjudiciables était un préprint posté sur le serveur de Research Square qui vantait l'efficacité et la sécurité de l'ivermectine, un traitement antiparasitaire, pour prévenir et traiter le COVID-19.

Cette étude et une méta-analyse qui s'en inspirait largement ont été retirées "en raison de données frauduleuses", a déclaré le rédacteur en chef du journal qui a publié l'article. Une autre étude largement citée sur l'ivermectine, réalisée en Argentine, a été remise en question après que des journalistes de BuzzFeed News ont tenté de creuser certaines de ses affirmations.

Malheureusement, le retrait est intervenu après que le document préliminaire ait été vanté par des politiciens et d'autres personnes qui promouvaient l'utilisation de ce médicament comme traitement du COVID, selon la couverture de Retraction Watch.

Un autre article qui affirmait que les cas de myocardite chez les adolescents avaient augmenté après l'approbation du vaccin COVID-19 pour cette tranche d'âge a également été retiré par son éditeur. L'un de ses co-auteurs, le cardiologue Peter McCullough, MD, MPH, a été retiré des facultés de plusieurs universités et hôpitaux du Texas après avoir encouragé l'utilisation de thérapies non prouvées pour le COVID-19 et mis en doute l'efficacité des vaccins COVID-19.

Mais le rythme accéléré des publications n'a pas été que négatif. Des réalisations importantes - de nouveaux vaccins créés, testés, distribués en moins d'un an - ont fleuri en un temps record. Quelques jours après son identification, les chercheurs publiaient des préimpressions sur la capacité d'Omicron à échapper à l'immunité et à se transmettre à la vitesse de l'éclair, donnant aux pays un temps critique pour se préparer.

"Il y a eu un bon côté", a déclaré M. Prather de Scripps. "Il fallait que les solutions à certaines de ces choses sortent rapidement, et c'était le seul moyen." De nombreux experts estiment que la publication d'études n'ayant pas fait l'objet d'une évaluation par des pairs continuera probablement à jouer un rôle important dans la diffusion de la science à l'avenir.

Michael Osterholm, PhD, qui dirige le Center for Infectious Disease Research and Policy de l'université du Minnesota, pense que le changement global dans la publication scientifique pourrait être une arme à double tranchant.

"Je pense que c'est à la fois une bénédiction et une malédiction", a déclaré Osterholm. "Je pense que cela a conduit à une diffusion rapide d'informations très importantes, mais cela a également conduit à je pense une désinformation involontaire."